Podmínkou pro provedení ročního zúčtování daně je, že zaměstnanec není povinen podávat daňové přiznání, musí mít podepsané prohlášení k dani a musí o roční zúčtování požádat nejpozději do 15. února.
Většinu slev na dani uplatní zaměstnanec měsíčně ve výši 1/12 roční částky při stanovení měsíční zálohy na daň, ale slevy na dani na manželku (manžela), nezdanitelná část na poživatele starobního důchodu, hodnota darů, příspěvky na penzijní připojištění se státním příspěvkem, pojistné na soukromé životní pojištění, úroky z hypotéčních úvěrů  jsou částky, ke kterým plátce přihlédne až při ročním zúčtování záloh za zdaňovací období.
Aby mohl zaměstnavatel v rámci ročního zúčtování záloh daně uplatnit zaměstnanci daňové slevy a odečty, musí od zaměstnance obdržet zákonem stanovené doklady, kterými prokáže nárok na slevu na dani.
Je rozdíl, jestli zaměstnanec uplatňuje slevu nebo odečet poprvé, nebo ji uplatňuje opakovaně a už ji předtím prokázal.

Sleva na manželku (manžela)

Při prokazování slevy na musí zaměstnanec předložit úřední doklad o totožnosti manželky/manžela. Pokud z dokladu totožnosti není jasné, že se jedná o manželku/manžela, musí to doložit oddacím listem.
Limit pro uplatnění slevy na vyživovanou manželku nebo manžela - jejich vlastní příjem za zdaňovací období nesmí být vyšší než 68 000 Kč.
Do vlastního příjmu manželky (manžela) se nezahrnují dávky státní sociální podpory, dávky sociální péče, příspěvek na péči, sociální služby, dávky pomoci v hmotné nouzi, státní příspěvky na penzijní připojištění a na stavební spoření a stipendium. Nově se do této částky také nezapočítává příjem, který manželce (manželovi) plyne za péči o osobu blízkou nebo jinou osobu, která má nárok na příspěvek na péči, který je osvobozen od daně (u osob blízkých je osvobozen příjem do výše poskytovaného příspěvku, u jiných osob je od daně měsíčně osvobozena v úhrnu maximálně částka do výše příspěvku pro osobu se IV. stupněm závislosti podle zákona o sociálních službách).
Do vlastního příjmu manželky (manžela) se počítají například všechny druhy důchodů, podpora v nezaměstnanosti, nemocenská, náhrada mzdy při pracovní neschopnosti, ošetřování člena rodiny, mateřská a všechny výdělky (hrubé příjmy, nesnížené o výdaje) ze zaměstnání, podnikání, příjmy z prodeje nemovitostí, pronájmu, prodeje aut, cenných papírů (i když jsou od daně osvobozeny).
Sleva na dani na vyživovanou manželku/manžela je 24 840 Kč, pokud je manželka/manžel držitelem průkazu ZTP, činí sleva na dani 49 680 Kč.
V případě, že manželství netrvalo celý loňský rok, sleva se krátí.

Penzijní připojištění

Od základu daně lze odečíst příspěvky placené poplatníkem na penzijní připojištění (od 1.1.2011 i pojistné placené instituci penzijního pojištění v EU a EHP) se státním příspěvkem. Při prvním uplatňování odečtu musí zaměstnanec předložit smlouvu o penzijním připojištění.
Při opakovaném uplatňování odečtu předkládá potvrzení penzijního fondu o roční výši plateb účastníka, které fondy zasílají vždy začátkem roku.
Odečíst je možné částku z celkových plateb, která převyšuje 6000 Kč, ale maximálně lze odečíst 12 000 korun.

Životní pojištění

Při první uplatňování odečtu na životní pojištění musí zaměstnanec předložit pojistnou smlouvu nebo pojistku.
Při opakovaném uplatňování odečtu předkládá potvrzení pojišťovny o výši plateb za loňský rok.
Od základu daně lze odečíst pojistné na soukromé životní pojištění, za podmínky, že výplata pojistného plnění (důchodu nebo jednorázového plnění) je ve smlouvě sjednána až po 60 měsících od uzavření smlouvy a současně nejdříve v kalendářním roce, v jehož průběhu dosáhne poplatník věku 60 let, a u pojistné smlouvy s pevně sjednanou pojistnou částkou pro případ dožití navíc za předpokladu, že pojistná smlouva s pevně sjednanou pojistnou částkou pro případ dožití s pojistnou dobou od 5 do 15 let včetně má sjednanou pojistnou částku alespoň na 40 000 Kč a pojistná smlouva s pevně sjednanou pojistnou částkou pro případ dožití s pojistnou dobou nad 15 let má sjednanou pojistnou částku alespoň na 70 000 Kč.
Maximálně lze odečíst 12 000 Kč za zdaňovací období.

Dary na veřejně prospěšné účely

Je nutné doložit potvrzení od příjemce daru o výši a účelu daru, případně darovací smlouvu, u darování krve potvrzení zdravotnického zařízení.
Od základu daně lze odečíst dar na zákonem uvedené účely, například na školství, tělovýchovu, ekologii, na podporu a ochranu mládeže, zdravotnictví, charitu, činnost politických stran a hnutí.
Na zvýhodnění vzniká nárok, jestliže úhrnná hodnota těchto darů ve zdaňovacím období činila alespoň 1000 korun nebo přesáhla dvě procenta (původního) základu daně.

Cena těchto darů se pak odečte od základu daně, maximálně však do výše desetiny tohoto základu.
Zvláštním darem je bezplatné darování krve, za každé darování krve je možné snížit daňový základ o 2000 korun.

Úhrada za zkoušky

Od daňového základu lze odečíst úhrady za zkoušky ověřující výsledky dalšího vzdělávání, pokud nebyly hrazeny zaměstnavatelem ani nebyly uplatněny jako výdaj vynaložený na dosažení, zajištění a udržení příjmů (podle par. 24 zákona o daních z příjmů), nejvýše však 10 000 Kč. U poplatníka se zdravotním postižením se může odečíst až 13 000 Kč a u poplatníka s těžším zdravotním postižením až 15 000 Kč. V tomto případě je nutné doložit doklad o zaplacení a případně i kopii certifikátu.

Úroky z úvěrů na hrazení bytových potřeb

Od základu daně lze odečíst zaplacené úroky z úvěru ze stavebního spoření, úroky z hypotečního úvěru (snížené o státní příspěvek), pokud poplatník dané úvěry použije na financování bytových potřeb.
Úhrnná částka úroků ze všech úvěrů u poplatníků téže domácnosti nesmí překročit 300 000 Kč ročně (resp. 25 000 Kč měsíčně při placení úroků jen po část roku).
Pokud úvěrovou smlouvu uzavře najednou více zletilých osob, uplatní odpočet buď jedna z nich, anebo každá z nich, a to rovným dílem.

Při prvním uplatňování odečtu předkládá zaměstnanec smlouvu o hypotéce a úvěru ze stavebního spoření a další zákonem požadované doklady podle účelu úvěru.
Například při stavbě domu nebo bytu je to stavební povolení nebo ohlášení stavby, po dokončení stavby výpis z listu vlastnictví. U úvěru na opravu nebo rekonstrukci nemovitosti, když se jedná o byt nebo dům ve vlastnictví je to výpis z listu vlastnictví, v případě bytu v nájmu nájemní smlouva u bytu v užívání občanský průkaz.
Při opakovaném uplatňování odečtu předkládá zaměstnanec potvrzení o zaplacených úrocích.
Hlavní podmínkou je povinnost být účastníkem smlouvy o úvěru a vlastnit nebo spoluvlastnit danou nemovitost po celý rok, za který se odečty uplatňují. Výjimkou je, když poplatník nabyl nemovitost až v průběhu loňského roku. Pokud se jedná o úvěr na opravu a rekonstrukci nemovitosti, kterou užívá někdo jiný než vlastník, vlastnit nebo spoluvlastnit nemovitost není nutné.
Poplatník také musí splňovat podmínku, že nemovitost v loňském roce sloužila k jeho vlastnímu trvalému bydlení nebo k trvalému bydlení druhého z manželů, potomků, rodičů, nebo prarodičů obou manželů. U nemovitosti, kterou si koupil nebo postavil, se v roce nabytí vlastnictví tato podmínka nezkoumá.

Členské příspěvky odborové organizaci

Každý rok se musí předložit potvrzení odborové organizace o výši zaplacených členských příspěvků.

Lze odečíst částku až do výše 1,5 % zdanitelných příjmů, maximálně však 3000 Kč za zdaňovací období.